Atlético Huila, en agosto de 1990 la liga de fútbol del departamento del Huila, se reúnen el comité y se trata la posibilidad de tener un equipo que participe en la categoría B, en la reunión se encontraban el presidente de la liga de fútbol Gerardo Gómez Alvarez, el vicepresidente de la liga Gaspar Avilez y luego convocaron gobierno Departamental y municipal, encabezados por el Jorge Eduardo Gechem Turbay,el alcalde Luis Alberto Díaz Mendez. Además diversas entidades hicieron parte del proyecto como la Cámara de Comercio de Neiva y los equipos Juventud Huila, nuevos vallores, Rodrigo cante de la Acord- Huila, Jorge Correa Pastrana, presidente de la Dimayor, el presidente de la Difútbol.
En un acuerdo, nace el Club Deportivo Atlético Huila, luego se da la partida legal con Ivan Perdomo representante de Coldeportes. La primera asamblea de aportantes se realizó el día 19 de Noviembre de 1990, la cual fue precedida por el gobernador de ese entonces Jorge Eduardo Gechem Turbay, y se aprobaron los estatutos del Club Deportivo Atlético Huila, Tiempo después se realizó la Primera Radioton en el parque Santander de la ciudad de Neiva, cuyo aporte costaba aproximadamente $30.000 pesos. desde ese momento nació jurídicamente el Atlético Huila.
El comité ejecutivo estaba integrado: Presidente del Atlético Huila Ramiro Gutierrez y demás miembros Arturo Hoyos, Germán Ruiz, Miller Cuellar y Miller Quinteros. En 1991 se arma el primer equipo que participó en el torneo categoría B, dirigido por Victor Quiñones. En 1992 el técnico fue Alberto Rujana con el que gana el torneo copa Concasa y asciende al torneo profesional A. Bajo la dirección del técnico Nelson Abadia en 1996 desciende a la categoría B. Con Rafael Corrales en el año de 1997 regresa al torneo profesional.
Nelson Gallego salva la categoría A en el año 2000. Para el segundo semestre del acomo técnico Juan Eugenio Jiménez, posteriormente Bernardo Redin lo dirige en dos temporadas, (2002- 2003). En el año 2004, Felix Valverde Quiñonez, Bernardo Redin en el 2.005 y en el 2006 – 2007, Nestor Otero, en el 2007-2008 Javier Alvarez, en el 2008, Miguel Augusto Prince y los años 2009-2010 Guillermo Berrio.
Titulos Obtenidos
Campeón: Primera B en 1992 y 1996/97
Sub Campeón: 2007-I, 2009-II
